З вересня 1992 року до жовтня 1994 року працював у Міністерстві закордонних справ України. З березня 1993 ро аташе, третій секретар відділу політичного аналізу та планування. З травня 1994 другий секретар управління ОБСЄ та Ради Європи.

З жовтня 1994 року до квітня 1998 року працював в Адміністрації президента України. З грудня 1994 року головний консультант Управління зовнішньої політики. Член державних делегацій України на переговорах до ОБСЄ, а також під час візитів президента України до Грузії, Італії, Греції та Фінляндії.

З квітня 1998 року до грудня 2003 року – консультант з питань зовнішньої політики та зв'язків із пресою благодійного фонду «Співдружність».

З червня 2000 до березня 2002 року — редактор відділу політики газети «Нове століття».

З серпня 2003 року до жовтня 2006 року — віце-президент «Центру досліджень корпоративних відносин».

З жовтня 2006 року до грудня 2007 року – радник віце-прем'єр-міністра України Дмитра Табачника.

З січня 2008 року до березня 2010 року — помічник-консультант народного депутата України Дмитра Табачника.

З січня 2009 року – президент «Центру системного аналізу та прогнозування».

З травня 2010 року – радник міністра освіти і науки, молоді та спорту України.

З 2004 року активно публікувався в газетах та інтернет-виданнях.

1 березня 2014 виїхав до Росії. Нині президент «Центру системного аналізу та прогнозування».

З жовтня 2014 - громадянин Росії.

З 2014 року - колумніст інтернет видання РИА Новости. Також був колумністом видань Україна.ру та RT.

З 2015 року – регулярний гість ефірів ВДТРК (радіо Вести ФМ). Пізніше став постійним гостем передачі Дмитра Куликова «Формула смысла», а також почав вести авторську передачу «Киевский тупик» разом із журналістом Володимиром Синельниковим (до середини 2018 року).

У 2018 став вести авторську передачу «Ростислав Іщенко про головне» на інтернет-каналі Україна.ру (МІА Росія Сегодня), а також виступати в прямому ефірі в інших виданнях - «Говорит Москва», «Комсомольська правда» та ін. Постійно з'являється також в ефірах в інших політологів та ведучих, таких як Євген Сатановський, Армен Гаспарян, Володимир Соловйов та ін.